Keputusan Presiden Nomor 5 Tahun 2002 ini bertujuan untuk menyempurnakan Keputusan Presiden Nomor 110 Tahun 2001 dalam rangka mendukung tertib administrasi pemerintahan. Perubahan ini mencakup penyesuaian struktur organisasi dan tugas eselon I di beberapa lembaga pemerintah non-departemen, seperti BAPPENAS, BULOG, dan BPN. Setiap lembaga memiliki struktur organisasi yang terdiri dari Kepala, Sekretariat Utama, dan beberapa Deputi dengan tugas spesifik sesuai bidang masing-masing. Misalnya, BAPPENAS memiliki Deputi Bidang Sumber Daya Manusia dan Kebudayaan, Deputi Bidang Politik, Pertahanan, dan Keamanan, serta Deputi lainnya yang bertanggung jawab atas perumusan kebijakan dan pelaksanaan rencana pembangunan nasional di bidang masing-masing. Selain itu, Inspektorat Utama di setiap lembaga bertugas melaksanakan pengawasan fungsional.