Keputusan Presiden Nomor 88 Tahun 2003 ini bertujuan untuk menyempurnakan Keputusan Presiden Nomor 109 Tahun 2001 yang telah diubah dengan Keputusan Presiden Nomor 47 Tahun 2002, dalam rangka mendukung tertib administrasi pemerintahan. Perubahan ini mencakup struktur organisasi Departemen Dalam Negeri, yang terdiri dari berbagai direktorat jenderal dan badan, serta staf ahli dengan tugas spesifik. Setiap direktorat jenderal memiliki tugas merumuskan dan melaksanakan kebijakan serta standardisasi teknis di bidang masing-masing, seperti kesatuan bangsa, pemerintahan umum, otonomi daerah, pembangunan daerah, pemberdayaan masyarakat dan desa, administrasi kependudukan, dan administrasi keuangan daerah. Inspektorat Jenderal bertugas melaksanakan pengawasan fungsional, sementara badan penelitian dan pengembangan serta badan pendidikan dan pelatihan bertugas di bidang pemerintahan dalam negeri dan otonomi daerah. Staf ahli memberikan telaahan di bidang hukum, politik, pemerintahan, pembangunan, kemasyarakatan, sumber daya manusia, ekonomi, dan keuangan.