Peraturan Kepala Arsip Nasional Republik Indonesia Nomor 5 Tahun 2013 ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Kepala Arsip Nasional Republik Indonesia Nomor 07 Tahun 2012 tentang Petunjuk Pelaksanaan Pemberian Tunjangan Kinerja Pegawai di Lingkungan Arsip Nasional Republik Indonesia. Perubahan tersebut meliputi penambahan definisi terkait izin alasan yang sah, cuti, cuti alasan penting, cuti besar, rawat jalan, dan rawat inap. Selain itu, dilakukan perubahan pada ketentuan mengenai pemotongan tunjangan kinerja bagi pegawai yang tidak masuk kerja tanpa izin atau alasan yang sah, serta penyesuaian terhadap perhitungan tunjangan kinerja bagi pegawai yang meninggalkan pekerjaan pada jam kerja dengan alasan yang sah. Peraturan ini juga mengatur secara lebih rinci mengenai pembayaran tunjangan kinerja bagi pegawai yang melaksanakan berbagai jenis cuti, seperti cuti tahunan, cuti besar, cuti sakit, cuti bersalin, dan cuti alasan penting. Terakhir, dilakukan perubahan pada ketentuan mengenai pencatatan kehadiran dan pelaksanaan cuti pegawai, serta perhitungan pemotongan tunjangan kinerja secara kumulatif.