Peraturan Menteri Agama ini bertujuan untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi dan pengelolaan perguruan tinggi di Universitas Islam Negeri Sultan Maulana Hasanuddin Banten. Perubahan utama adalah pembentukan Fakultas Sains. Struktur organisasi fakultas yang sudah ada (Tarbiyah dan Keguruan, Syariah, Ushuluddin dan Studi Agama, Adab dan Humaniora, Ekonomi dan Bisnis Islam, dan Dakwah) terdiri dari Dekan, Wakil Dekan, Program Studi, Laboratorium/Studio, dan Bagian Tata Usaha. Fakultas Sains memiliki struktur yang sama, kecuali Bagian Tata Usaha diganti dengan Subbagian Tata Usaha. Tugas dan tanggung jawab Dekan, Wakil Dekan, Ketua Program Studi, dan Sekretaris Program Studi dijelaskan lebih lanjut. Selain itu, Rektor dapat membentuk pusat-pusat tambahan sesuai kebutuhan. Ma'had al Jami'ah bertugas melaksanakan pelayanan, pembinaan, pengembangan akademik, dan karakter mahasiswa berbasis pesantren. Seluruh jabatan struktural yang disebutkan dalam peraturan ini merupakan jabatan noneselon.