Peraturan Menteri ini mengatur organisasi dan tata kerja Kantor Otoritas Pelabuhan sebagai Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang bertanggung jawab kepada Menteri Perhubungan melalui Direktur Jenderal Perhubungan Laut. Kantor Otoritas Pelabuhan bertugas melaksanakan pengaturan, pengendalian, dan pengawasan kegiatan kepelabuhanan pada pelabuhan yang diusahakan secara komersial. Fungsi yang dijalankan meliputi penyusunan rencana kerja, program, dan desain pelabuhan; penyusunan rencana induk pelabuhan (DLKr/DLKp); penyusunan dan pengusulan tarif; pengaturan, pengendalian, dan pengawasan lalu lintas dan angkutan laut; penjaminan kelancaran arus barang; pengaturan dan pengawasan penggunaan lahan dan fasilitas pelabuhan; penjaminan kelestarian lingkungan; peran sebagai wakil pemerintah dalam pemberian konsesi; pembinaan usaha dan penyediaan jasa kepelabuhanan; serta pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum, dan hubungan masyarakat. Susunan organisasi Kantor Otoritas Pelabuhan terdiri dari Bagian Tata Usaha, Bidang Perencanaan dan Pembangunan, serta Bidang Lalu Lintas dan Angkutan Laut, Operasi, dan Usaha Kepelabuhanan. Peraturan ini juga mengatur tentang Kelompok Jabatan Fungsional, Wilayah Kerja, Tata Kerja, Eselon jabatan, dan Lokasi Kantor Otoritas Pelabuhan.