Peraturan Menteri ini membentuk Komisi Nasional Pengkajian Sumber Daya Ikan (Komnas KAJISKAN) sebagai lembaga nonstruktural yang mandiri dan bertanggung jawab kepada Menteri Kelautan dan Perikanan. Komnas KAJISKAN bertugas memberikan masukan dan rekomendasi kepada Menteri dalam penetapan potensi dan jumlah tangkapan yang diperbolehkan, yang akan digunakan sebagai bahan kebijakan dalam pengelolaan perikanan yang bertanggung jawab di wilayah pengelolaan perikanan Republik Indonesia. Untuk melaksanakan tugasnya, Komnas KAJISKAN menyelenggarakan fungsi identifikasi kebutuhan data dan informasi, penyerasian program riset, serta validasi dan sintesis hasil pengkajian stok sumber daya ikan secara nasional. Keanggotaan Komnas KAJISKAN terdiri dari para ahli di bidang terkait, dengan masa tugas selama 3 tahun dan dapat diangkat kembali. Sekretariat Komnas KAJISKAN dibentuk untuk menunjang pelaksanaan tugas, dipimpin oleh Kepala Sekretariat yang dijabat oleh Sekretaris Badan Riset Kelautan dan Perikanan. Mekanisme kerja Komnas KAJISKAN meliputi sidang yang diadakan sekurang-kurangnya sekali dalam 3 bulan, dengan ketentuan kuorum yang harus dipenuhi. Segala biaya yang diperlukan dalam pelaksanaan tugas Komnas KAJISKAN dibebankan pada Anggaran Sekretariat Badan Riset Kelautan dan Perikanan.