Peraturan Menteri ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi Nomor 25 Tahun 2019 tentang Petunjuk Operasional Kegiatan Dana Alokasi Khusus Fisik Afirmasi Bidang Transportasi Perdesaan Tahun Anggaran 2020. Perubahan tersebut meliputi metode pelaksanaan kegiatan DAK Fisik Afirmasi Bidang Transportasi Perdesaan yang terdiri atas lelang, e-katalog, dan swakelola. Penggunaan dana untuk kegiatan penunjang juga diatur, dengan alokasi maksimal 5% dari DAK Fisik Afirmasi Bidang Transportasi Perdesaan. Kegiatan penunjang mencakup desain perencanaan, biaya tender, honorarium fasilitator, penunjukan konsultan pengawasan, rapat koordinasi, perjalanan dinas, dan pelaksanaan reviu oleh Inspektorat. Lampiran peraturan juga diubah sesuai dengan perubahan ini. Tujuan dari DAK Fisik Afirmasi Bidang Transportasi Perdesaan adalah untuk meningkatkan aksesibilitas di daerah tertinggal, perbatasan negara, kawasan transmigrasi, pulau kecil terluar, dan wilayah Papua, menghubungkan daerah terisolir dengan fasilitas pelayanan dasar, pusat distribusi, kecamatan, dan ibu kota kecamatan.