Peraturan Menteri Keuangan Nomor 16/PMK.07/2023 ini bertujuan untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas, dan akuntabilitas dalam pengelolaan Dana Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Perubahan ini mencakup penetapan pejabat yang bertanggung jawab atas pengelolaan dan penyaluran dana, serta penambahan ketentuan baru terkait mekanisme pengajuan dan evaluasi usulan program dan kegiatan. Selain itu, peraturan ini mengatur penggunaan Dana Keistimewaan untuk mendanai kewenangan dalam urusan keistimewaan seperti tata cara pengisian jabatan, kelembagaan, kebudayaan, pertanahan, dan tata ruang. Dana ini tidak dapat digunakan untuk gaji pegawai negeri sipil atau pembelian peralatan kantor yang tidak terkait langsung dengan pelayanan publik. Peraturan ini juga menekankan pentingnya sistem informasi terintegrasi untuk meningkatkan akuntabilitas dan transparansi pengelolaan dana.