Peraturan ini bertujuan untuk meningkatkan kinerja Universitas Mulawarman dalam melaksanakan pelayanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat melalui penataan organisasi dan tata kerja. Universitas Mulawarman (UNMUL) berada di bawah Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi dan menerapkan pola pengelolaan keuangan badan layanan umum. Struktur organisasi UNMUL terdiri dari Senat, Rektor, Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Pertimbangan. Rektor bertanggung jawab atas kebijakan non-akademik dan pengelolaan universitas, dibantu oleh Wakil Rektor yang mengurus bidang akademik, sumber daya manusia, kemahasiswaan, dan perencanaan. Fakultas dan Pascasarjana bertanggung jawab atas pelaksanaan pendidikan akademik, vokasi, dan profesi. Lembaga di bawah Rektor melaksanakan tugas di bidang penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan penjaminan mutu. Unit Pelaksana Teknis (UPT) mendukung kegiatan akademik dan pengelolaan sumber daya.