Peraturan Menteri ini menetapkan organisasi dan tata kerja Politeknik Penerbangan Jayapura (Poltek Penerbangan Jayapura). Poltek Penerbangan Jayapura adalah perguruan tinggi negeri di lingkungan Kementerian Perhubungan yang bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan. Secara akademik, pembinaan dilakukan oleh menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang riset, teknologi, dan pendidikan tinggi, sementara pembinaan administratif dilakukan oleh menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang perhubungan.
Tugas Poltek Penerbangan Jayapura adalah menyelenggarakan program pendidikan vokasi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang penerbangan. Fungsi yang dijalankan meliputi penyusunan rencana dan program pendidikan, penyelenggaraan pendidikan vokasi, pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, pelaksanaan pemeriksaan intern, pelaksanaan dan pengembangan sistem penjaminan mutu, pengelolaan administrasi akademik dan ketarunaan, pengelolaan urusan keuangan, umum, dan kerja sama, pengembangan program, data, dan evaluasi, pelaksanaan pembangunan karakter, pengelolaan unit penunjang dan pelaksanaan pengembangan usaha, pembinaan civitas academica dan hubungannya dengan lingkungan, serta pelaksanaan evaluasi dan pelaporan.
Susunan organisasi Poltek Penerbangan Jayapura terdiri atas Direktur dan Wakil Direktur, Senat, Dewan Penyantun, Dewan Pengawas, Satuan Pemeriksaan Intern, Satuan Penjaminan Mutu, Bagian Administrasi Akademik dan Ketarunaan, Bagian Keuangan, Umum, dan Kerja Sama, Program Studi, Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, Pusat Pembangunan Karakter, Unit Penunjang, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Program studi yang ada meliputi Program Studi Diploma III Manajemen Lalu Lintas Udara, Program Studi Diploma III Teknik Listrik Bandara, dan Program Studi Diploma III Manajemen Bandar Udara.