Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 94 Tahun 2017 ini bertujuan untuk menata kembali organisasi dan tata kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura, yang telah ditetapkan sebagai organisasi pemerintah dengan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Peraturan ini mengatur pembagian kewenangan dan tugas di dalam Balai, termasuk pembentukan unit-unit seperti Satuan Pemeriksaan Intern, Subbagian Keuangan dan Umum, Seksi Penyelenggaraan Pendidikan dan Pelatihan, Seksi Sarana dan Prasarana Pendidikan dan Pelatihan, Divisi Pengembangan Usaha dan Kerja Sama, serta Unit Penunjang. Setiap unit memiliki tugas spesifik, seperti pengelolaan keuangan, penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan, pengembangan usaha, dan penjaminan mutu. Kepala Balai bertanggung jawab menyusun peta proses bisnis dan melaporkan hasil pelaksanaan tugas kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan.