Peraturan Menteri ini mengatur tentang penyelenggaraan pelabuhan laut, mencakup kegiatan pemerintahan dan pengusahaan di pelabuhan. Kegiatan pemerintahan meliputi pengaturan, pembinaan, pengendalian, pengawasan kegiatan kepelabuhanan, serta keselamatan dan keamanan pelayaran yang dilaksanakan oleh penyelenggara pelabuhan (Otoritas Pelabuhan/KSOP atau Unit Penyelenggara Pelabuhan) dan Syahbandar. Fungsi kepabeanan, keimigrasian, dan kekarantinaan dilaksanakan sesuai peraturan perundang-undangan.
Kegiatan pengusahaan di pelabuhan meliputi penyediaan dan pelayanan jasa kapal, penumpang, dan barang, serta jasa terkait kepelabuhanan yang dilaksanakan oleh Badan Usaha Pelabuhan (BUP). BUP wajib memiliki izin usaha dari Menteri, gubernur, atau bupati/walikota sesuai kewenangannya. Peraturan ini juga mengatur penetapan lokasi pelabuhan, Rencana Induk Pelabuhan (RIP), Daerah Lingkungan Kerja (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan (DLKp) pelabuhan, pembangunan, pengembangan, dan pengoperasian pelabuhan. Lokasi pelabuhan ditetapkan oleh Menteri berdasarkan RIPN dan rekomendasi dari pemerintah daerah. RIP disusun oleh penyelenggara pelabuhan dengan berpedoman pada RIPN dan tata ruang wilayah. DLKr dan DLKp ditetapkan untuk menjamin kegiatan kepelabuhanan. Pembangunan dan pengembangan pelabuhan memerlukan izin dari Direktur Jenderal. Pengoperasian pelabuhan dilakukan setelah pembangunan selesai dan memenuhi persyaratan keselamatan dan keamanan. Wilayah tertentu di daratan atau perairan dapat ditetapkan sebagai lokasi yang berfungsi sebagai pelabuhan. Pelabuhan utama dapat ditetapkan sebagai pelabuhan yang terbuka bagi perdagangan luar negeri setelah memenuhi persyaratan.