Peraturan Presiden ini bertujuan untuk mengelola Masjid Istiqlal secara profesional dan modern, menjadikannya pusat kegiatan ibadah dan muamalah yang mencakup pendidikan, informasi Islam, dakwah, konsultasi hukum Islam, kegiatan sosial, dan pemberdayaan umat. Pengelolaan dilakukan oleh Dewan Pengarah, Imam Besar, dan Badan Pengelola. Dewan Pengarah memberikan arahan, pengawasan, dan persetujuan kebijakan. Imam Besar memimpin kegiatan keagamaan dan melapor kepada Presiden. Badan Pengelola menyusun kebijakan dan program kerja, serta mengelola operasional Masjid. Struktur organisasi mencakup Ketua, Sekretaris, Ketua Harian, dan beberapa bidang fungsional.