Peraturan Pemerintah ini menetapkan Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) sebagai perguruan tinggi negeri badan hukum yang mengelola bidang akademik dan nonakademik secara otonom. UNY berpedoman pada Statuta UNY yang mencakup visi, misi, tujuan, nilai dasar, dan budaya kerja. UNY memiliki visi menjadi universitas kependidikan kelas dunia yang unggul, kreatif, dan inovatif berkelanjutan. Misi UNY meliputi penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat yang unggul, serta membangun jejaring nasional dan internasional. UNY juga menetapkan kebijakan mengenai kebebasan akademik, kebebasan mimbar akademik, dan otonomi keilmuan. Struktur organisasi UNY terdiri dari Majelis Wali Amanat, Rektor, dan Senat Akademik Universitas. Peraturan ini juga mengatur tentang sistem penjaminan mutu, pendanaan, dan pengelolaan kekayaan UNY.