Peraturan Presiden ini bertujuan untuk melindungi dan melestarikan Kompleks Candi Borobudur sebagai warisan budaya nasional dan dunia, serta memaksimalkan manfaatnya bagi kemakmuran rakyat. Tata kelola dilakukan melalui pembagian zona dan penerapan manajemen destinasi tunggal oleh PT TWC. Zona-zona tersebut memiliki peruntukan yang berbeda, mulai dari kegiatan kebudayaan, keagamaan, sosial, pendidikan, hingga pariwisata. Pemerintah pusat menugaskan PT TWC untuk mengelola zona-zona ini dengan memperhatikan aspek pelindungan, pengembangan, dan pemanfaatan. PT TWC juga dapat bekerja sama dengan pihak ketiga dan harus berkoordinasi dengan pemerintah pusat, daerah, dan desa. Tim Koordinasi dibentuk untuk mengawasi tata kelola ini.