Peraturan Daerah Kota Ambon Nomor 4 Tahun 2016 ini mengatur tentang pembentukan dan susunan perangkat daerah Kota Ambon. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, dengan tujuan untuk mewujudkan penataan organisasi perangkat daerah yang rasional, proporsional, efektif, dan efisien.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan perangkat daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat Daerah, Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Dinas Daerah terdiri dari berbagai bidang seperti pendidikan, pemuda dan olahraga, pariwisata dan kebudayaan, kesehatan, sosial, kependudukan dan pencatatan sipil, koperasi dan usaha mikro, perindustrian dan perdagangan, tenaga kerja, pekerjaan umum dan penataan ruang, perhubungan, pertanian dan ketahanan pangan, perikanan, lingkungan hidup dan kebersihan, pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak, masyarakat dan desa, pengendalian penduduk dan keluarga berencana, komunikasi informatika dan persandian, perpustakaan dan kearsipan, pemadam kebakaran dan penyelamatan, penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu, perumahan rakyat dan kawasan pemukiman, serta Satuan Polisi Pamong Praja. Badan Daerah meliputi Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia, Badan Perencanaan Pembangunan dan Penelitian Pengembangan Daerah, Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah, serta Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah. Selain itu, Kecamatan juga ditetapkan sebagai perangkat daerah. Kelurahan merupakan perangkat kecamatan yang dibentuk untuk membantu atau melaksanakan sebagian tugas camat.
Peraturan ini juga mengatur tentang pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah untuk melaksanakan kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang tertentu. Walikota dibantu oleh 3 (tiga) Staf Ahli. Pejabat Aparatur Sipil Negara pada Perangkat Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Walikota sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Pembiayaan masing-masing perangkat daerah dibebankan pada Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah Kota Ambon.