Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 4 Tahun 2008 tentang Perusahaan Daerah Bank Perkreditan Rakyat Bank Jogja Kota Yogyakarta dibentuk dengan tujuan untuk mendorong pertumbuhan perekonomian daerah, meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dan dunia usaha, serta meningkatkan pendapatan daerah. PD. BPR Bank Jogja memiliki tugas mengembangkan perekonomian, usaha mikro, kecil, dan menengah, serta menggerakkan pembangunan daerah melalui kegiatan usahanya sebagai Bank Perkreditan Rakyat. Kegiatan usaha PD. BPR Bank Jogja meliputi penghimpunan dana dari masyarakat, pemberian kredit, pembinaan usaha mikro, kecil, dan menengah, penempatan dana dalam bentuk Sertifikat Bank Indonesia (SBI), deposito berjangka, sertifikat deposito, dan tabungan antar bank lainnya, serta menjalankan usaha perbankan lainnya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Modal dasar PD. BPR Bank Jogja ditetapkan sebesar Rp. 45.000.000.000,- (empat puluh lima milyar rupiah) yang merupakan kekayaan daerah yang dipisahkan. Organ PD. BPR Bank Jogja terdiri dari Walikota, Dewan Pengawas, dan Direksi. Direksi bertugas menyusun perencanaan, melaksanakan koordinasi, dan pengawasan seluruh kegiatan operasional PD. BPR Bank Jogja. Dewan Pengawas bertugas menetapkan kebijaksanaan umum, melaksanakan pengawasan, pengendalian, dan pembinaan terhadap PD. BPR Bank Jogja.