Peraturan Daerah Kabupaten Muna Nomor 3 Tahun 2025 ini mengubah ketentuan Pasal 2 huruf e angka 4 Peraturan Daerah Kabupaten Muna Nomor 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Muna, yang sebelumnya telah diubah dengan Peraturan Daerah Kabupaten Muna Nomor 2 Tahun 2021. Perubahan ini berkaitan dengan pembentukan Perangkat Daerah Kabupaten Muna, termasuk Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas-Dinas (seperti Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil, Dinas Perikanan, Dinas Kepemudaan dan Olahraga, dll.), Badan-Badan (seperti Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia, Badan Keuangan dan Aset Daerah, Badan Pendapatan Daerah, Badan Riset dan Inovasi Daerah, dll.). Secara khusus, peraturan ini membentuk Badan Riset dan Inovasi Daerah Tipe A yang menyelenggarakan Fungsi Penunjang penelitian dan pengembangan.