Keputusan Presiden Nomor 66 Tahun 1982 menetapkan susunan organisasi Universitas Mulawarman sebagai bagian dari pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 5 Tahun 1980. Universitas Mulawarman merupakan unit organik di bawah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, dipimpin oleh Rektor yang bertanggung jawab langsung kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Pembinaan fungsional dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Tugas pokok universitas ini meliputi pendidikan, pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Struktur organisasi universitas terdiri dari Rektor, Pembantu Rektor, beberapa biro administrasi, fakultas, pusat penelitian, pusat pengabdian masyarakat, dan perpustakaan. Perincian tugas dan fungsi organisasi ditetapkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab di bidang penertiban dan penyempurnaan aparatur negara.