Peraturan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2021 ini bertujuan untuk mengatur organisasi dan tata kerja Institut Agama Islam Negeri Sorong. Latar belakang kebijakan ini adalah untuk menjamin penyelenggaraan pendidikan tinggi dan pengelolaan perguruan tinggi yang efektif di Institut tersebut. Peraturan ini menetapkan struktur organisasi yang terdiri dari organ pengelola, organ pertimbangan, dan organ pengawasan. Rektor memimpin Institut dengan bantuan Wakil Rektor, dan berbagai fakultas serta unit pelaksana teknis mendukung pelaksanaan tugas akademik dan administratif. Peraturan ini juga mengatur pembagian tugas dan fungsi di tingkat fakultas, pascasarjana, dan lembaga pendukung lainnya, serta menetapkan prosedur tata kerja dan akuntabilitas.