Peraturan Pemerintah Nomor 13 Tahun 1991 ini diterbitkan untuk mencabut Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985, sejalan dengan pelaksanaan otonomi pengelolaan perguruan tinggi sebagaimana diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 30 Tahun 1990 tentang Pendidikan Tinggi. Dengan pencabutan ini, pengaturan lebih lanjut mengenai susunan organisasi, rincian tugas, fungsi, dan tata kerja Institut Agama Islam Negeri akan ditetapkan oleh Menteri Agama sesuai ketentuan yang berlaku. Tujuan dari kebijakan ini adalah untuk memberikan keleluasaan dalam pengelolaan perguruan tinggi, khususnya Institut Agama Islam Negeri, agar dapat beroperasi lebih efektif dan efisien dalam kerangka otonomi pendidikan tinggi.