Peraturan Daerah Kota Kendari ini bertujuan untuk mewujudkan organisasi Perangkat Daerah yang efektif, efisien, rasional, dan proposional sesuai dengan kebutuhan pelaksanaan tugas pemerintahan melalui penataan kelembagaan. Peraturan ini membentuk susunan Perangkat Daerah Kota Kendari yang terdiri dari:
- Sekretariat Daerah Kota Kendari (Tipe A)
- Sekretariat DPRD Kota Kendari (Tipe B)
- Inspektorat Daerah Kota Kendari (Tipe A)
- Dinas Daerah Kota Kendari, yang terdiri dari 21 Dinas dengan berbagai tipe (A atau B) yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, perumahan, sosial, perhubungan, kebudayaan, kependudukan, pertanian, perikanan, perdagangan, lingkungan hidup, pemberdayaan perempuan, pengendalian penduduk, komunikasi dan informatika, tenaga kerja, penanaman modal, perpustakaan, dan ketahanan pangan.
- Badan Daerah Kota Kendari, yang terdiri dari 5 Badan dengan berbagai tipe (A) yang melaksanakan fungsi penunjang perencanaan, kepegawaian, keuangan, pendapatan, dan kesatuan bangsa.