Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 19 Tahun 2011 mengubah Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2008 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Kedudukan, dan Tugas Sekretariat Daerah dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah. Latar belakang perubahan ini adalah untuk menunjang pelaksanaan urusan pemerintahan daerah agar lebih berdaya guna dan berhasil guna, serta adanya perubahan peraturan perundang-undangan dan kebutuhan daerah yang disesuaikan dengan kondisi faktual. Perubahan meliputi pembentukan Sekretariat Daerah dan Sekretariat DPRD, tugas Sekretariat Daerah dalam membantu Bupati menyusun kebijakan dan mengkoordinasikan satuan kerja perangkat daerah, serta fungsi-fungsi Sekretariat Daerah seperti penyusunan kebijakan, pengkoordinasian pelaksanaan tugas perangkat daerah, pembinaan administrasi dan aparatur, pemantauan dan evaluasi kebijakan, dan pelaksanaan tugas lain dari Bupati. Struktur organisasi Sekretariat Daerah juga mengalami perubahan, termasuk penambahan Staf Ahli yang bertugas memberikan telaah mengenai masalah pemerintahan daerah sesuai bidang keahliannya.