Peraturan ini bertujuan untuk mengatur organisasi dan tata kerja Institut Agama Kristen Negeri Kupang guna menjamin penyelenggaraan pendidikan tinggi yang efektif. Institut ini berada di bawah Kementerian Agama dan dipimpin oleh Rektor. Tugas utama Institut adalah menyelenggarakan pendidikan akademik dan vokasi dalam ilmu agama serta ilmu pengetahuan dan teknologi tertentu. Struktur organisasi Institut terdiri dari organ pengelola, organ pertimbangan, dan organ pengawasan. Organ pengelola mencakup Rektor, Wakil Rektor, Fakultas, Pascasarjana, Biro Administrasi, Lembaga, dan Unit Pelaksana Teknis. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik, seperti penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi, pembinaan sivitas akademika, dan pengawasan internal.