Peraturan ini bertujuan untuk memberikan pedoman bagi unit kerja di lingkungan Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika dalam melaksanakan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP). Tujuan utama dari pedoman ini adalah untuk menjamin mutu pelaksanaan SPIP, menjaga konsistensi dalam pelaksanaan, dan mencapai hasil kerja yang sesuai dengan kualitas yang diharapkan. Kepala Badan bertanggung jawab atas penyelenggaraan pengendalian intern untuk meningkatkan kinerja dan pengelolaan keuangan negara yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel. Setiap unit kerja wajib menerapkan SPIP yang meliputi lingkungan pengendalian, penilaian risiko, kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, serta pemantauan pengendalian intern. Penyelenggaraan SPIP dikoordinasikan oleh Sekretaris Utama dan melibatkan pembentukan Satuan Tugas SPIP di tingkat Badan dan unit kerja. Pelaporan SPIP dilakukan secara berkala kepada Sekretaris Utama dan Kepala Badan. Pengawasan intern dilakukan oleh Inspektorat Badan melalui audit, reviu, evaluasi, dan pemantauan.