Peraturan Menteri ini mengatur tentang pengendalian sistem jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan. Latar belakangnya adalah adanya perubahan organisasi di lingkungan Kementerian Kelautan dan Perikanan, sehingga perlu mengatur kembali sistem jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk memberikan jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan pada setiap tahapan produksi, pengolahan, dan distribusi.
Kewenangan pengendalian diberikan kepada Kepala Badan sebagai Otoritas Kompeten, meliputi penerbitan Sertifikat CBIB, CPIB, Penerapan HACCP, dan Sertifikat Kesehatan. Sertifikat CBIB diberikan kepada pelaku usaha budidaya yang memenuhi cara budidaya yang baik. Sertifikat CPIB diberikan kepada pelaku usaha perikanan tangkap yang memenuhi cara penanganan ikan yang baik. Sertifikat Penerapan HACCP diberikan kepada UPI yang telah memiliki SKP dan menerapkan HACCP. Sertifikat Kesehatan diberikan apabila UPI konsisten memenuhi persyaratan HACCP.
Pelaksanaan pengendalian meliputi inspeksi, verifikasi, survailen, pengambilan contoh, pengujian, dan sertifikasi. Pengendalian diatur dalam Program Manajemen Mutu Terpadu (PMMT) yang dikembangkan berdasarkan konsepsi HACCP. Komponen pengendalian terdiri dari pedoman/prosedur sistem manajemen mutu, Inspektur Mutu, Laboratorium, dan Komisi Approval. Otoritas Kompeten menetapkan syarat kelayakan operasional terhadap lembaga, SDM, laboratorium sesuai standar nasional dan internasional. Otoritas Kompeten juga membuat prosedur perencanaan untuk mengendalikan situasi berisiko terhadap keamanan hasil perikanan.