Peraturan Daerah Istimewa ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2013 tentang Kewenangan Dalam Urusan Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Perubahan tersebut meliputi tugas Gubernur dan Wakil Gubernur, tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas dan wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur, pembentukan kelembagaan Pemerintah Daerah, kewenangan dalam urusan Kebudayaan, pengelolaan dan pemanfaatan Tanah Kasultanan dan Tanah Kadipaten, penataan ruang termasuk Tanah Kasultanan dan Tanah Kadipaten, serta penyusunan rencana kebutuhan dalam rangka pelaksanaan urusan Keistimewaan. Selain itu, dilakukan penghapusan terhadap ketentuan Pasal 63 ayat (3) serta perubahan terhadap beberapa pasal lainnya terkait dengan tata ruang, pertanahan, kebudayaan, dan kelembagaan. Pendanaan untuk urusan Keistimewaan bersumber dari APBN sesuai kebutuhan DIY dan kemampuan keuangan Negara. Gubernur wajib menyampaikan laporan pelaksanaan kegiatan Keistimewaan kepada Pemerintah melalui Menteri Dalam Negeri setiap akhir tahun anggaran.