Keputusan Presiden Nomor 49 Tahun 2002 ini ditetapkan untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi Departemen Agama, serta meningkatkan pelayanan pemerintah dalam pembinaan kehidupan beragama di daerah. Keputusan ini mengatur kedudukan, tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja instansi vertikal Departemen Agama, yang terdiri dari Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota. Instansi vertikal ini bertanggung jawab langsung kepada Menteri Agama dan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi. Keputusan ini juga menetapkan pembentukan dan pengembangan struktur organisasi berdasarkan prinsip-prinsip organisasi, karakteristik hubungan pemerintah dengan agama, jumlah penduduk, luas wilayah, dan peraturan perundang-undangan yang mendukung. Selain itu, keputusan ini mengatur tipologi organisasi dan eselonisasi jabatan dalam instansi vertikal tersebut.