Peraturan Menteri ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Universitas Trunodjoyo Madura (UTM). Latar belakang ditetapkannya peraturan ini adalah untuk meningkatkan kinerja UTM dalam melaksanakan pelayanan penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, serta menindaklanjuti kebijakan penyederhanaan birokrasi. Tujuan dari penataan ini adalah untuk menyesuaikan organisasi dan tata kerja UTM dengan perkembangan hukum dan kebutuhan organisasi.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup susunan organisasi UTM yang terdiri atas Senat, pemimpin (Rektor dan Wakil Rektor), Satuan Pengawas Internal, dan Dewan Penyantun. Rektor dibantu oleh Wakil Rektor yang membidangi akademik; perencanaan, keuangan, dan umum; serta kemahasiswaan, kerja sama, dan alumni. Unsur organisasi di bawah pemimpin meliputi pelaksana akademik (fakultas, Program Pascasarjana, lembaga penelitian dan pengabdian kepada masyarakat), pelaksana administrasi (biro), penjaminan mutu, dan penunjang akademik (unit penunjang akademik seperti perpustakaan, teknologi informasi dan komunikasi, bahasa, dll.). Setiap unsur memiliki tugas dan fungsi masing-masing dalam mendukung penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi.
Peraturan ini juga mengatur tugas dan fungsi dari masing-masing unit organisasi, termasuk fakultas, jurusan, laboratorium, bagian umum, program pascasarjana, biro, lembaga, dan unit penunjang akademik. Selain itu, diatur pula mengenai tata kerja, jabatan, pengangkatan, dan pemberhentian dalam lingkungan UTM.