Peraturan Pemerintah Nomor 40 Tahun 2001 ini bertujuan untuk menyempurnakan pengaturan tarif tol guna mendukung perkembangan infrastruktur jalan tol di Indonesia. Perubahan ini menekankan pada penetapan tarif tol yang lebih jelas dan terstruktur. Penetapan jenis kendaraan dan tarif tol dilakukan oleh Presiden berdasarkan usulan Menteri, dengan mempertimbangkan kelayakan investasi, keuntungan biaya operasi kendaraan, dan kemampuan membayar pengguna jalan tol. Tarif tol berlangganan dapat ditetapkan oleh Badan dengan rabat maksimal 30% dari tarif yang ditetapkan Presiden. Selain itu, penyesuaian tarif tol dilakukan setiap tiga tahun berdasarkan laju inflasi, dengan kenaikan maksimum 25%.