Peraturan Menteri Agama ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Jember. Perubahan tersebut meliputi perubahan pada Pasal 5 mengenai organ pengelola Institut yang terdiri atas Rektor dan Wakil Rektor, Fakultas, Pascasarjana, Biro Administrasi Umum, Akademik, dan Kemahasiswaan, Lembaga, dan Unit Pelaksana Teknis. Kemudian, dilakukan perubahan pada Pasal 29 mengenai susunan Pascasarjana yang terdiri atas Direktur, Wakil Direktur, Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, dan Subbagian Tata Usaha. Selain itu, disisipkan Pasal 30A yang mengatur bahwa Direktur dibantu oleh Wakil Direktur dalam melaksanakan tugasnya, dengan tugas Wakil Direktur meliputi bidang akademik dan kelembagaan, administrasi umum, perencanaan dan keuangan, pembinaan kemahasiswaan dan alumni, serta kerja sama. Pasal 76 diubah terkait Satuan Pengawasan Internal yang bertugas melaksanakan pengawasan non-akademik pada Institut, termasuk fungsi penyusunan peta risiko, program pengawasan, pelaksanaan pengawasan kepatuhan, penyusunan laporan, dan pemantauan tindak lanjut. Terakhir, disisipkan Pasal 79A yang menyatakan bahwa Rektor, Wakil Rektor, Dekan, Wakil Dekan, Direktur, Wakil Direktur, Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan, Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi, Ketua Lembaga, Sekretaris Lembaga, Kepala Pusat, Kepala Unit, Mudir, Kepala Satuan Pengawasan Internal, dan Sekretaris Satuan Pengawasan Internal merupakan jabatan non-eselon.