Peraturan Menteri ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Pertanian Nomor 05/Permentan/OT.140/2/2012 tentang Pemasukan dan Pengeluaran Benih Hortikultura. Perubahan tersebut meliputi ketentuan Pasal 6 mengenai tujuan pemasukan benih, Pasal 7 mengenai persyaratan permohonan izin pemasukan benih bagi badan usaha, perorangan, instansi pemerintah, dan pemerhati tanaman, Pasal 11 mengenai persyaratan administrasi dan teknis pemasukan benih untuk pengembangan benih yang akan dipasarkan di luar negeri atau produk segar yang akan dipasarkan di dalam dan/atau luar negeri, Pasal 12 mengenai persyaratan pemasukan benih untuk tujuan uji banding antar laboratorium penguji atau uji profisiensi dan pelaksanaan uji mutu untuk kepentingan penerbitan orange certificate dan blue certificate, Pasal 14 mengenai persyaratan pemasukan benih untuk kebutuhan pemerhati tanaman, serta Pasal 30 mengenai persyaratan permohonan izin pengeluaran benih bagi badan usaha, instansi pemerintah, pemerhati tanaman, dan perorangan. Ketentuan lain dalam Peraturan Menteri Pertanian Nomor 05/Permentan/OT.140/2/2012 dinyatakan tetap berlaku.