Keputusan Menteri ini menetapkan lokasi pembangunan sentra kelautan dan perikanan terpadu di pulau-pulau kecil dan kawasan perbatasan. Lokasi-lokasi tersebut meliputi Simeulue (Aceh), Kota Sabang (Aceh), Mentawai (Sumatera Barat), Pulau Enggano (Bengkulu Utara), Natuna (Kepulauan Riau), Kabupaten Kepulauan Anambas (Kepulauan Riau), Sebatik (Nunukan, Kalimantan Utara), Talaud (Sulawesi Utara), Tahuna (Sangihe, Sulawesi Utara), Buton Selatan (Sulawesi Tenggara), Rote (Rote Ndao, Nusa Tenggara Timur), Sumba Timur (Nusa Tenggara Timur), Tual (Maluku), Moa (Maluku Barat Daya, Maluku), Morotai (Pulau Morotai, Maluku Utara), Saumlaki (Maluku Tenggara Barat, Maluku), Biak (Biak Numfor, Papua), Sarmi (Papua), Timika (Mimika, Papua), dan Merauke (Papua).