Peraturan ini bertujuan untuk meningkatkan efektivitas, efisiensi, dan profesionalisme pelaksanaan tugas dan fungsi kesekretariatan pada Komisi Perlindungan Anak Indonesia (KPAI). Sekretariat KPAI berfungsi memberikan dukungan teknis dan administratif kepada KPAI, termasuk penyusunan rencana, program, dan anggaran, serta pengelolaan sistem data dan informasi. Struktur organisasi Sekretariat KPAI terdiri dari Subbagian Administrasi Umum dan Kelompok Jabatan Fungsional. Kepala Sekretariat bertanggung jawab secara fungsional kepada Menteri dan secara administratif kepada Sekretaris Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak. Peraturan ini juga mengatur tentang tata kerja, jenis jabatan, pengangkatan, dan pemberhentian pejabat di lingkungan Sekretariat KPAI.