Peraturan Menteri Pertanian ini mengatur pengelolaan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) pada kegiatan penelitian dan pengembangan serta pendidikan dan pelatihan pertanian yang dilakukan berdasarkan kontrak kerja sama dengan pihak lain. Latar belakangnya adalah untuk mengoptimalkan PNBP Kementerian Pertanian melalui kerja sama dengan pihak lain, sebagaimana diamanatkan dalam Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 2016. Tujuannya adalah untuk meningkatkan pelayanan, akuntabilitas, dan optimalisasi penerimaan negara dari PNBP.
Ketentuan substansial mencakup perencanaan kerja sama melalui mekanisme APBN, baik yang terencana maupun tidak terencana. Proses perencanaan melibatkan pengajuan permohonan rencana kerja sama, pembahasan usulan pendanaan, dan revisi Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA). Peraturan ini juga mengatur penghitungan besaran tarif PNBP berdasarkan komponen biaya penyelenggaraan pelayanan. Pelaksanaan kerja sama meliputi bidang penelitian dan pengembangan pertanian serta pendidikan dan pelatihan pertanian, yang dituangkan dalam kontrak kerja sama setelah pembayaran PNBP ke Kas Negara. Penggunaan dana PNBP dibatasi paling tinggi sebesar persetujuan Menteri Keuangan. Satker wajib menyampaikan laporan pelaksanaan kerja sama dan laporan realisasi anggaran sebagai bentuk pertanggungjawaban. Pembinaan dilakukan oleh Sekretariat Jenderal melalui Biro Keuangan dan Perlengkapan, sementara pengawasan dilakukan oleh aparat pengawasan intern pemerintah.