Peraturan Pemerintah ini bertujuan untuk mengatasi kendala dalam pengalihan aset dan pegawai dari Otorita Pengembangan Daerah Industri Pulau Batam kepada Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam, serta pengelolaan keuangan Badan tersebut. Selain itu, peraturan ini memperluas Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam untuk mencakup Pulau Janda Berias dan gugusannya. Ketentuan substansial meliputi pengelolaan, pengembangan, dan pembangunan kawasan oleh Kepala Badan Pengusahaan, pengaturan pegawai yang terdiri dari Pegawai Negeri Sipil dan non-Pegawai Negeri Sipil, serta pengelolaan aset dan keuangan yang memberikan fleksibilitas dalam praktik bisnis. Susunan organisasi dan tata kerja Badan Pengusahaan ditetapkan oleh Ketua Dewan Kawasan.