Keputusan Presiden Nomor 52 Tahun 2001 bertujuan untuk meningkatkan dukungan staf dan pelayanan administrasi kepada Presiden dalam menjalankan kekuasaan pemerintahan. Perubahan ini mencakup restrukturisasi Sekretariat Negara dengan menambah dan mengubah tugas serta fungsi beberapa jabatan, termasuk Deputi dan Staf Ahli. Sekretariat Negara kini terdiri dari beberapa Deputi dan Staf Ahli yang masing-masing memiliki bidang tugas spesifik seperti Pemberdayaan Sumber Daya, Dukungan Kebijakan, dan Hubungan Lembaga. Selain itu, dibentuk Unit Kesehatan dan Unit Keamanan Dalam untuk mendukung tugas administrasi. Jabatan dalam Sekretariat Negara diatur dalam eselon tertentu, dan pengangkatan serta pemberhentian pejabat dilakukan oleh Presiden atau Sekretaris Negara sesuai dengan ketentuan yang berlaku.