Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 12 Tahun 2009 tentang Kerjasama Daerah bertujuan untuk mewujudkan efisiensi dan efektivitas pengelolaan sumber daya daerah serta meningkatkan kualitas pelayanan umum kepada masyarakat. Kerjasama daerah dapat dilakukan dengan Pemerintah Provinsi, Pemerintah Kabupaten/Kota lain, pihak luar negeri, dan pihak ketiga. Objek kerjasama adalah seluruh urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah otonom, termasuk penyediaan pelayanan publik. Bentuk kerjasama meliputi pinjam pakai, pembangunan dan pengelolaan infrastruktur, bantuan teknis, kontrak pengelolaan pinjaman/permodalan, kontrak kelola, kontrak patungan, kontrak pelayanan, kontrak sewa, kontrak konsesi, dan kontrak bangun/rehabilitasi. Walikota membentuk Tim Koordinasi Kerjasama Daerah (TKKSD) untuk menyiapkan kerjasama daerah. Tahapan kerjasama meliputi prakarsa, kesepakatan bersama, dan perjanjian kerjasama. Kerjasama yang membebani daerah dan masyarakat serta yang berjangka waktu lebih dari 5 tahun harus mendapat persetujuan DPRD. Hasil kerjasama dapat berupa uang, surat berharga, barang, dan keuntungan non material, yang harus disetor ke Kas Daerah atau dicatat sebagai Aset Daerah. Perubahan perjanjian kerjasama dapat dilakukan dengan persetujuan DPRD jika diperlukan. Penyelesaian perselisihan dilakukan melalui musyawarah atau keputusan Gubernur. Kerjasama berakhir karena kesepakatan, tujuan tercapai, perubahan mendasar, pelanggaran perjanjian, perjanjian baru, norma baru, objek hilang, atau kepentingan nasional terganggu.