Peraturan Menteri Pertahanan Nomor 3 Tahun 2017 ini bertujuan untuk meningkatkan kinerja dan pelayanan di Universitas Pertahanan melalui pengaturan susunan personel dan tata kerja. Peraturan ini menggantikan Peraturan Menteri Pertahanan Nomor 05 Tahun 2013 yang sudah tidak sesuai. Universitas Pertahanan dibina secara teknis akademik oleh Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi, dan secara teknis fungsional oleh Kementerian Pertahanan. Universitas ini menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi, dan profesi di bidang pertahanan negara dan bela negara. Struktur organisasi Universitas Pertahanan terdiri dari Senat, Dewan Guru Besar, Dewan Pembina, Dewan Pengawas, dan Rektorat. Rektor bertanggung jawab atas kebijakan nonakademik dan pengelolaan universitas, sementara Wakil Rektor membantu dalam bidang akademik, keuangan, dan kerja sama. Unsur pelaksana akademik terdiri dari beberapa fakultas yang masing-masing memiliki program studi spesifik di bidang pertahanan.