Peraturan Menteri Agama ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Universitas Islam Negeri (UIN) Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung. Latar belakang penetapan peraturan ini adalah untuk menjamin penyelenggaraan pendidikan tinggi yang efektif di UIN Sayyid Ali Rahmatullah Tulungagung, yang telah mendapatkan persetujuan dari Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk menetapkan struktur organisasi dan tata kerja yang jelas bagi universitas.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup struktur organisasi universitas yang terdiri dari organ pengelola, organ pertimbangan, dan organ pengawasan. Organ pengelola meliputi Rektor dan Wakil Rektor, Fakultas, Pascasarjana, Biro Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan, Lembaga, dan Unit Pelaksana Teknis. Fakultas terdiri dari Syariah dan Ilmu Hukum, Tarbiyah dan Ilmu Keguruan, Ushuluddin, Adab, dan Dakwah, serta Ekonomi dan Bisnis Islam. Lembaga terdiri dari Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dan Lembaga Penjaminan Mutu. Unit Pelaksana Teknis meliputi Perpustakaan, Teknologi Informasi dan Pangkalan Data, Bahasa, Ma'had Al-Jami'ah, dan Pengembangan Karier.
Peraturan ini juga mengatur tugas dan fungsi masing-masing organ dan unit dalam universitas, termasuk pembagian kewenangan dan tanggung jawab. Misalnya, Rektor bertugas memimpin dan mengelola penyelenggaraan pendidikan tinggi, sementara Wakil Rektor membantu Rektor dalam bidang akademik, administrasi, dan kemahasiswaan. Fakultas bertugas menyelenggarakan pendidikan akademik, vokasi, dan/atau profesi dalam rumpun disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni. Biro Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan bertugas melaksanakan penyusunan rencana dan program, urusan umum, keuangan, organisasi, kepegawaian, hukum, administrasi akademik, kemahasiswaan, pemberdayaan alumni, dan kerja sama.