Peraturan ini bertujuan untuk menata organisasi dan tata kerja Politeknik Pelayaran Malahayati agar lebih efektif dan efisien, sejalan dengan penyederhanaan birokrasi. Penataan ini telah disetujui oleh Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi. Politeknik Pelayaran Malahayati, sebagai perguruan tinggi negeri di bawah Kementerian Perhubungan, bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan. Tugasnya meliputi penyelenggaraan pendidikan vokasi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang pelayaran. Struktur organisasi terdiri dari Direktur, Wakil Direktur, Senat, Dewan Penyantun, Dewan Pengawas, dan berbagai unit pendukung lainnya. Setiap bagian memiliki tugas dan fungsi spesifik untuk mendukung operasional dan pengembangan Politeknik.