Keputusan Presiden Nomor 64 Tahun 1982 menetapkan susunan organisasi Universitas Tanjungpura sebagai bagian dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Universitas ini dipimpin oleh seorang Rektor yang bertanggung jawab langsung kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Pembinaan fungsional dilakukan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Tugas utama Universitas Tanjungpura adalah menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan peraturan yang berlaku. Struktur organisasi universitas meliputi Rektor, Pembantu Rektor, beberapa biro administrasi, berbagai fakultas, pusat penelitian, pusat pengabdian masyarakat, dan perpustakaan. Perincian tugas dan fungsi organisasi ditetapkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dengan persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab di bidang penertiban dan penyempurnaan aparatur negara.