Peraturan Daerah ini membentuk organisasi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Bappeda) Kota Yogyakarta untuk mendukung sistem perencanaan pembangunan yang efektif dan efisien. Bappeda adalah unsur penunjang Pemerintah Daerah di bidang perencanaan pembangunan daerah, dipimpin oleh Kepala Badan yang bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah. Fungsi Bappeda adalah melaksanakan sebagian kewenangan daerah di bidang perencanaan pembangunan daerah. Tugas Bappeda meliputi penyusunan RPJP, RPJM, dan RPTD, melaksanakan Musrenbangda, mengkoordinasikan penyusunan RKPD, melaksanakan pengumpulan data, evaluasi, monitoring dan pelaporan pelaksanaan rencana pembangunan, melaksanakan koordinasi, penelitian dan pengembangan perencanaan pembangunan, serta melaksanakan ketatausahaan Badan. Susunan organisasi Bappeda terdiri dari Kepala Badan, Bagian Tata Usaha (dengan Sub Bagian Umum dan Sub Bagian Keuangan, Perencanaan dan Evaluasi), Bidang Perencanaan dan Program, Bidang Pengendalian, Evaluasi dan Laporan, Bidang Data, Penelitian dan Pengembangan, serta Kelompok Jabatan Fungsional. Setiap pimpinan satuan organisasi menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, sinkronisasi, dan simplifikasi. Susunan kepegawaian diatur sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.