Peraturan Pemerintah ini bertujuan untuk membubarkan Daerah Maluku Selatan dan membentuk dua daerah otonom baru, yaitu Daerah Maluku Tengah dan Daerah Maluku Tenggara. Pembentukan ini dilakukan untuk memenuhi keinginan rakyat dan memperbaiki susunan serta penyelenggaraan pemerintahan. Daerah Maluku Tengah dan Maluku Tenggara diberikan hak untuk mengatur dan mengurus rumah tangganya sendiri. Kedudukan pemerintahan Daerah Maluku Tengah ditetapkan di Amahai, sedangkan Daerah Maluku Tenggara di Tual. Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) masing-masing daerah terdiri dari 20 anggota, dan penyusunan DPRD diatur oleh Menteri Dalam Negeri hingga ada undang-undang pemilihan. Pemerintah Daerah memiliki kewenangan dalam berbagai urusan seperti tata usaha, pemerintahan umum, pengairan, pertanian, perikanan, kehutanan, pendidikan, kesehatan, dan sosial. Pemerintah Daerah juga berhak mengadakan pajak daerah dan retribusi sesuai ketentuan yang berlaku.