Peraturan Menteri Agama ini menetapkan Statuta Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Ambon (STAKPN Ambon) sebagai landasan pengelolaan perguruan tinggi. Statuta ini mencakup identitas STAKPN Ambon, yang meliputi nama, tempat kedudukan, tanggal pendirian, lambang, bendera, mars, hymne, dan busana akademik. Statuta mengatur penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi, termasuk pendidikan (kebebasan akademik, penerimaan mahasiswa, sistem perkuliahan, bahasa pengantar, kompetensi lulusan, penilaian pembelajaran, sidang senat, gelar, ijazah, dan penghargaan), penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Sistem pengelolaan STAKPN Ambon meliputi organisasi (Ketua, Wakil Ketua, Senat, Satuan Pengawas Internal, Dewan Penyantun), ketenagaan (dosen dan tenaga kependidikan), mahasiswa, dan alumni. Statuta juga mengatur sistem penjaminan mutu internal, tata kelola (tata kerja, prinsip manajemen dan akuntabilitas, administrasi akademik, standar layanan, kurikulum), kode etik, perencanaan, pendanaan dan kekayaan, sarana dan prasarana, serta kerja sama.