Peraturan Daerah Istimewa ini mengatur tentang kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) yang meliputi kedudukan, susunan organisasi, tugas, fungsi, dan tata kerja Perangkat Daerah, Parampara Praja, dan ketatalaksanaan. Penataan kelembagaan Pemerintah Daerah dilaksanakan berdasarkan asas efektivitas, efisiensi, manfaat, akuntabilitas, keterbukaan, partisipasi, dan pendayagunaan kearifan lokal. Perangkat Daerah terdiri atas Sekretariat Daerah, Paniradya Kaistimewan, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Badan Penghubung Daerah. Gubernur dapat dibantu oleh Staf Ahli. Pemerintah Daerah dapat menugaskan sebagian urusan Keistimewaan kepada Pemerintah Kabupaten, Kota, Kemantren, Kapanewon, Kalurahan dan Kelurahan. Peraturan ini juga mengatur nomenklatur lokal, penguatan kelembagaan Pemerintah Daerah, dan hubungan kerja urusan Keistimewaan dengan Kasultanan dan Kadipaten.