Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 14 Tahun 2016 ini dibentuk dengan tujuan untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, memperkuat karakter dan identitas keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta, serta melaksanakan ketentuan Pasal 97 ayat (1) Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tahun 2015 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kulon Progo, yang terdiri dari Sekretariat Daerah Tipe B, Sekretariat DPRD Tipe B, Inspektorat Daerah Tipe B, Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Kecamatan. Dinas Daerah terdiri dari berbagai tipe (A, B, dan C) yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, pertanahan, sosial, tenaga kerja, kependudukan, pertanian, lingkungan hidup, perhubungan, komunikasi, koperasi, penanaman modal, kebudayaan, perpustakaan, pariwisata, kelautan, perikanan, dan perdagangan. Badan Daerah terdiri dari Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Tipe A, Badan Keuangan dan Aset Daerah Tipe A, dan Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan Tipe B. Selain itu, Kecamatan juga ditetapkan sebagai Perangkat Daerah dengan berbagai tipe (A). Pada Kecamatan Wates dibentuk Kelurahan Wates sebagai perangkat kecamatan.
Dalam menetapkan besaran dan susunan organisasi Perangkat Daerah, Bupati harus memperhatikan asas-asas seperti urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah, intensitas urusan pemerintahan dan potensi Daerah, efisiensi, efektivitas, pembagian habis tugas, rentang kendali, tata kerja yang jelas, dan fleksibilitas. Unit Pelaksana Teknis (UPT) dapat dibentuk pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, dan kelompok jabatan fungsional dapat dibentuk pada setiap Perangkat Daerah dan UPT. Bupati juga dibantu oleh tiga staf ahli.