Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 3 Tahun 2020 mengubah Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Pekalongan. Latar belakang perubahan ini adalah untuk mewujudkan penyelenggaraan pemerintahan daerah yang profesional, memperkuat peran dan kapasitas perangkat daerah, serta meningkatkan efektivitas dan kinerja pelayanan kepada masyarakat. Perubahan ini juga dilakukan untuk melaksanakan ketentuan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 11 Tahun 2019 tentang Perangkat Daerah Yang melaksanakan Urusan Pemerintahan di Bidang Kesatuan Bangsa dan Politik.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi perubahan pada Pasal 1 angka 8, Pasal 2 huruf c dan penambahan angka 4 pada huruf e, perubahan pada Pasal 9, penghapusan Pasal 13, perubahan pada Pasal 15 huruf a dan penghapusan huruf c, penyisipan Pasal 16A, dan perubahan pada Pasal 17 ayat (1). Perubahan ini berdampak pada susunan perangkat daerah, nomenklatur, dan pelaksanaan tugas dan fungsi beberapa perangkat daerah seperti Inspektorat Daerah, Badan Kesatuan Bangsa dan Politik, dan Rumah Sakit Daerah. Peraturan ini juga menegaskan bentuk kelembagaan rumah sakit daerah sebagai unit organisasi bersifat khusus yang bertanggung jawab kepada Perangkat Daerah yang melaksanakan urusan pemerintahan di bidang kesehatan.