Keputusan Presiden Nomor 77 Tahun 1999 menetapkan Lembaga Sandi Negara (LEMSANEG) sebagai Lembaga Pemerintah Non Departemen yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden dan dikoordinasikan oleh Menteri Negara Koordinator Bidang Politik dan Keamanan. LEMSANEG bertugas mengatur dan menyelenggarakan sistem persandian negara untuk mengamankan berita rahasia negara yang dikirim melalui sarana komunikasi antar Aparatur Negara, baik di Pusat, Daerah, Luar Negeri, Badan Usaha Milik Negara, maupun di lingkungan Tentara Nasional Indonesia dan Kepolisian Negara Republik Indonesia. Selain itu, LEMSANEG juga bertugas melakukan penelitian dan pengembangan ilmu kripto, perangkat lunak dan keras, serta pembinaan sumber daya manusia persandian untuk mendukung tugas umum pemerintah dan pengamanan pembangunan nasional.
Dalam melaksanakan tugasnya, LEMSANEG menyelenggarakan fungsi penetapan kebijakan dan pembinaan di bidang persandian negara, perencanaan, pengawasan, dan pengendalian kegiatan persandian, pengamanan persandian dan komunikasi elektronik, penelitian dan pengembangan ilmu kripto dan teknologi terkait persandian, serta koordinasi dengan instansi pemerintah dan lembaga lain dalam merumuskan kebijakan pengamanan berita rahasia negara.
Susunan organisasi LEMSANEG terdiri dari Kepala, Deputi Bidang Perencanaan dan Pengendalian Persandian, Deputi Bidang Pengamanan Persandian, dan Deputi Bidang Penelitian dan Pengembangan Persandian. Kepala LEMSANEG bertanggung jawab langsung kepada Presiden dan bertugas memimpin LEMSANEG, menyiapkan kebijakan umum di bidang persandian, menetapkan kebijakan teknis operasional persandian, serta membina dan melaksanakan koordinasi dengan instansi pemerintah dan lembaga lain di bidang persandian. Dalam rangka penyelenggaraan pemberitaan rahasia negara, dapat dibentuk Unit Teknis Persandian di lingkungan instansi pemerintah, yang secara teknis persandian berada di bawah pembinaan LEMSANEG.