Peraturan Daerah Kota Kendari ini dibentuk dengan tujuan untuk mewujudkan organisasi Perangkat Daerah yang efektif, efisien, rasional, dan proporsional, serta untuk merespon perubahan kebutuhan pelayanan publik akibat bertambahnya jumlah penduduk dan beban tugas pemerintah daerah. Peraturan ini mengatur pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kota Kendari, yang meliputi Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat Daerah, Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Dinas Daerah terdiri dari berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, perumahan, sosial, perhubungan, kebudayaan, kependudukan, pertanian, kelautan, perdagangan, lingkungan hidup, pemberdayaan perempuan, pengendalian penduduk, komunikasi dan informatika, tenaga kerja, penanaman modal, perpustakaan, dan pangan. Badan Daerah meliputi perencanaan pembangunan, kepegawaian, pengelolaan keuangan dan aset, serta pengelolaan pajak dan retribusi. Selain itu, Kecamatan juga ditetapkan sebagai perangkat daerah. Unit Pelaksana Teknis (UPT) dapat dibentuk pada Dinas Daerah dan Badan Daerah untuk melaksanakan kegiatan teknis operasional dan/atau penunjang. Walikota Kendari dibantu oleh staf ahli dalam melaksanakan tugasnya. Pejabat Aparatur Sipil Negara pada Perangkat Daerah diangkat dan diberhentikan oleh Walikota sesuai peraturan perundang-undangan. Perangkat Daerah yang melaksanakan Urusan Pemerintahan di Bidang Kesatuan Bangsa dan Politik tetap melaksanakan tugasnya sampai dengan peraturan perundang-undangan mengenai pelaksanaan urusan pemerintahan umum diundangkan.